故事在2001与2004年交叉展开，揭示警方卧底仁（梁朝伟）殉职前后的经过。两段看似无关的时空故事却骤然交错，令所有陷于无间地狱的人物面临终极对决。

　　2004年：这是最坏的年代

　　仁殉职后十个月，明（刘德华）被架空职权，负责琐碎的警署工作。眼看年轻警司荣（黎明）成为警队内的新星，明仿佛看见以前的自己。更相似的，荣可能同是黑帮派入警队的卧底。明多番追查，却总被一个神秘的瘸子阻挠，原来他竟是韩琛（曾志伟）旧日的生意伙伴澄（陈道明）。当荣与澄连手对付明时，明被逼面对已隐藏的过去……

　　2001年：这是最好的年代

　　仁在韩琛麾下潜伏两年，终于获派与神秘的内地商人澄商讨运毒交易，却不知已踏进韩琛布下的陷阱。警司黄志诚（黄秋生）察觉仁不受控制，决意要他放弃任务，同时强逼他会见李医生（陈慧琳）进行心理辅导，结果李医生逐渐成为了仁的精神支柱，两人更产生微妙关系。此时，韩琛却命令仁向澄痛下杀手。仁为了完成卧底任务，决定背叛黄警司，踏出最冒险的一步……