　　而如今九十九在奔赴新的工作岗位---警察厅科学警察研究所的路上突然被当成犯人陷入了和警察的纠纷中。正在执行警戒巡逻任务的刑警船田，把九十九误当成犯罪嫌疑人拘捕。而九十九凭借超出常人想象的分析能力侦破了此案。原来九十九是一位脑科学家，虽然行为有些乖张，但是九十九将用他的才学以及对人脑的了解协助警方侦破一起又一起的案件……

【第二集】

⇒怪人脑科学家VS复活的幽灵！！通过大脑训练人能复活！？

　　北千住署的刑警津村修介（神保悟志），被人发现双手及左脚被砍断死在家中。乱七八糟的房间里到处都查出了犯人的指纹，警察将该指纹和有前科者的指纹进行了对照。可是没想到出现了不可能的事实！指纹的主任，竟然是3年前杀死4个人并吃下他们手脚的连续杀人犯竹神贞次郎（GACKT）。竹神杀害的第四个人后藤（平山佑介）的未婚妻宫濑久美子（小雪），在媒体面前痛诉他的罪行，最终竹神被判死刑。1年前，竹神留下令人毛骨悚然的话语“我一定会复活”后，被执行死刑。

　　可是，这回的被害者津村正是当时逮捕竹神的警官…。整个搜查一课陷入了恐怖和混乱之中，大家都说“竹神真的如他预言一般的复活了”。

　　没过多久，当时竹神案件的鉴定人员高田英一（福井博章）也被杀害了，现场再次发现已经死去的竹神的指纹…。和新人刑警林田（水岛弘）一起来到现场的九十九（木村拓哉）对3年前的竹神事件，有了疑问…！？

【第三集】

⇒在某所大学医院内，发生了杀人事件

　　丹原（香川照之）和林田（水岛弘）前往现场调查案件。原想通过监视系统找到犯人，可是意外的发现摄像头却没有拍下犯罪现场的可疑人影。摄像头只拍到门自动打开后，接着就听见了被害者的惨叫。这个影像太令人不可思议……正在丹原和林田烦恼之时，他们意外的碰见了同在这所医院的九十九（木村拓哉），他对这次的透明人杀人事件非常感兴趣。

　　被害教授被杀的时候，当时有几名医院工作人员就在现场附近。其中包括年轻医生和久井雅和（龟梨和也）。可是监视摄像头没有拍到任何一个人在场。于是九十九开始用科学的方法验证，到底有没有可能真的是透明人作的案呢？

【第四集】

⇒失忆的男人如何杀人？乐谱揭开秘密

　　作为某起杀人事件的最大嫌疑犯，失忆的钢琴家中川优（佐藤健）被警察逮捕。被刀子刺死的被害者木下，是优的姐姐中川纯（木村多江）的未婚夫。杀人现场还留有优的自白讯息“是我杀的”“别在缠着我姐姐了”，而且优本人也承认了这件事。所以警察也认定优就是犯人。而电视上也播出了优的钢琴老师、世界著名的作曲家八木仁（东仪秀树）也出来讨论这回的案件。

　　可是，优于七年前曾因脑内出血倒下，现在只能保存最多1个小时的记忆…。为什么这个失忆的男人能去杀人呢？丹原警官（香川照之）不情愿的来到科警研，请求九十九（木村拓哉）协助调查。

　　这一天，九十九和助手和音（绫濑遥）一起前往优的工作室。当他们看见案件发生前一天优自己写下的乐谱时，发现了“某件事”…！？

【第五集】

⇒探索优失去的记忆九十九解开乐谱之谜

　　杀害中川纯（木村多江）的未婚夫木下庄治（贵山侑哉）的犯人，并不是她的弟弟中川优（佐藤健）。姐姐纯承认了自己的罪行，优也被释放了。可是九十九（木村拓哉）和丹原（香川照之）从优7年前的便条和乐谱中，发现了犯人可能另有其人。九十九发现，优每天都写的乐谱和便条，缺了几天。在探索优失去的记忆过程中，九十九发现了某件事情，前往优的钢琴老师八木仁（东仪秀树）的演奏会现场。听着八木的演奏，九十九解开了案发当天优所写的乐谱之谜。九十九请八木来到了优的工作室，并对八木做了某项测试。真凶即将被揭晓！

　　另一天，都议会议员松下百合子（大泽逸见）被人枪杀。丹原和林田（水岛弘）从杀害松下的犯人在现场留下的便当中，检测出了指纹和DNA。而浮出水面的嫌疑人却是15年前“诱拐事件”的被害者……

【第六集】

⇒15年前的诱拐受害者

　　都议会议员松下百合子（大泽逸美）被人残忍的枪杀。丹原朋实（香川照之）和林田虎之助（水岛弘），在现场犯人犯下罪行之后吃掉的便当中查出了指纹和DNA。而浮出水面的嫌疑犯却是15年前发生的诱拐事件受害者、秋吉加奈子（仲间由纪惠）！而且松下还是当时被诱拐的加奈子曾经的班主任。

　　科警研任命行动科学研究室的浪越克己（井坂俊哉）为调查小组领导，大家都在努力进行分析调查。可是，在岛根县却发生了第二起杀人事件，杀人手法和上一起几乎一样，犯人的行动毫无合理性。九十九（木村拓哉）和浪越怀疑，犯人应该是解离性同一性人格障碍，也就是人们说的多重人格。可是科警研的其他成员和丹原警官等却不赞同，认为肯定是用同犯。

　　就在此时，加奈子被诱拐前所上的小学同窗会即将召开…！？

【第七集】

⇒现场发现凶手给大家的挑战书

　　“科警研”为犯罪搜查的进步做了很大的贡献，警察厅副长官川濑要三（大林丈史）为了表彰他们即将到来。可是，九十九（木村拓哉）为首的科警研成员在门口准备迎接他的时候，副长官却在他们眼前被人用来福枪击倒。虽然警察立刻封锁了附近的大楼，进行警戒，可是还是让犯人逃脱了。九十九在狙击现场发现了用血写上X的手绢，突然意识到这时“给大家的挑战书”。

　　另一天，这次轮到原警视厅搜查一课刑事部长的众议院议员尾崎幸平（滨田晃）被人诱拐。而尾崎的车上也留有相同记号的手绢。警察因此断定这也是射杀副长官的凶手所为。犯人发表声明“48小时以内将对尾崎行刑”可是…！？而且，随着时间的流逝，第三起诱拐时间又将发生……

【第八集】

⇒越是认真调查就将陷入犯人设置的圈套越深

　　警察厅副长官川濑（大林丈史）被来福枪狙击，众议院议员尾崎（滨田晃）又被绑架。犯人声明将于48小时内对尾崎进行出行。时间一分一秒过去，警察们也在不停进行搜查，这时第三起绑架事件又发生了。丹原（香川照之）和林田（水岛弘）等赶往人质可能在的大楼，没想到2人闯进去的大楼又包扎了。九十九发现越是认真调查就将陷入犯人设置的圈套越深，他劝科警研的成员们什么都不做才是最好的。这次就连和音（绫濑遥）都对其失望。

　　可是，九十九（木村拓哉）仍然和丹原一起进行搜查。丹原、林田怀疑尾崎的儿子绅一郎（铃木一真），顺着这条线他们摸到了警视厅组织对策四课的武井（市川海老藏）。尾崎的处刑时间迫在眉睫，九十九和武井、北里（上川隆也）的攻防战也将进入高潮！九十九成功的战胜了最大的陷阱，可是没想到事态却朝着出人意料的方向发展！！九十九到底会做什么样的决断呢……

【第一集】

⇒九十九最终看破迷局 揪出幕后真正作案人！