两年以来，杰森·伯恩(马特·达蒙饰)觉得自己已经完全从过去的阴影中走了出来，和女友（玛莉弗兰卡·波逖饰）化名隐身在一个偏僻遥远的海滨小镇，享受着甜蜜的两人世界。但"过去"却一直追随着他，让他时时刻刻受到可怕的噩梦和模糊的过去的纠缠，于是他带着玛莉从一个城市搬到另一个城市，对每一个陌生人投向他的眼光或是每一个打错电话的人产生无名的怀疑和恐惧，他害怕不知什么时候又会被拉回他已经逃离了的世界。当一名中情局的干员出现在伯恩和玛莉的新家时，伯恩知道自己宁静的生活又再次被无情的重重谍影所笼罩……
一起国际政治刺杀事件让CIA重新审视已经失踪的伯恩的档案，因为一名某大国政要被职业杀手刺杀，警方在凶案现场发现一张电话卡，更加令人费解的是经查证此卡竟属伯恩所有。这件事令CIA非常尴尬，两国的和平也危在旦夕。恼怒的CIA立即对杰森·伯恩展开大规模搜寻，他们要求伯恩必须出山，缉拿真凶以还自身清白。
曾和伯恩并肩作战的妮琪·莱特（茱莉娅·斯蒂尔斯饰）信任伯恩，但她发现自己也身陷困境，CIA的高层上司怀疑她与伯恩合谋，并且认定伯恩现在已经成为了他们的头号敌人。事态似乎变得越发失去控制，玛莉也神秘失踪，四面楚歌的伯恩现在只有单枪匹马地去找出那个冒充自己的人，同时还要反击CIA的追杀。面对来自各方的敌友，还有那些别有用心的人，伯恩在间谍战的漩涡中越陷越深……[详细内容]
