茫茫沙漠上出现了一个孤独的旅行者，他不改稚气的脸庞，金发在风中飘逸，眼睛炯炯有神眺望着远方。身上的黑色上衣外面是我们所熟悉的红色外套，戴着白色手套的双手正在做击掌的炼金动作。但是……他不是钢之炼金术师爱德华，他是爱德华的弟弟——艾尔！

　　剧场版的故事发声在TV版结束的两年后。爱德华和艾尔兄弟二人被隔绝在两个世界无法相见。弟弟艾尔在TV版的最后得到了失去的肉体，但是作为等价交换失去了与哥哥爱德华二人四处旅行的这些年的所有记忆。虽然艾尔隐约记得哥哥的一些事情，以及曾经一起的种种经历，但为了避开这段不幸的回忆，周围的人都很少提起爱德华。

　　终于有一天，艾尔决定出发寻找哥哥，无论爱德华身处哪个世界，无论遇到多少艰难险阻。他那坚定的眼神好象已经说明了他的决心。他穿起哥哥留下的炼金术师袍，展开一段长达3000里的新的炼金术师的旅程……

　　爱德华的造型渐渐向其父亲“光之霍恩海姆”过渡，显得成熟而老练。时间背景则推移到一次大战过后的1923年的德国慕尼黑。

　　剧场版的登场人物包括爱德华和艾尔兄弟俩，大佐和莉萨，阿姆斯特朗少佐。此外还有爱德华生活的世界里的三位新角色。让人出乎意料的是，在TV版中曾杀死过爱德华的人造人恩维（Envy）并没有被吞没在门里，而是跟随爱德华来到了现实世界中的德国！

　　今年2月水岛监督带全体制作人员远赴欧洲取材，意在找一个兼备与理想中的“天堂”Shambala有着相似的韵味，以及带有典型欧洲中古建筑风格的地方，让制作班底能更好的把握上世纪20年代德国的城市风貌，以及幻想世界Shambala之间的文化冲突和共通性。

　　图中的二人并非我们熟悉的阿尔力克兄弟，而是爱德华和他在现实世界中找到的与艾尔相貌相同的德国少年——阿尔方斯·亨德里克。