在《黑客帝国：重装上阵》的精彩结尾，尼尔（基努-里维斯）把在《黑客帝国》的开端对真理的探求更进一步，但是这一改变却让他耗尽了力量，在母体和机器世界之间的无人之地飘荡。而屈妮蒂（凯凯瑞-安妮-摩斯守护着尼尔处于昏睡状态的身体，摩费斯（劳伦斯-费斯伯恩）陷入矛盾挣扎之中，他发现自己寄托了毕生信念的“那个人”只不过是母体的设计师创造的另一个控制系统。

　　在《黑客帝国》三部曲的终结篇，《黑客帝国：矩阵革命》中，人类与机器之间史诗般的战争达到了雷霆万钧的高潮：锡安城的军队，在兹宜（诺娜-盖伊）和“小子”（克雷顿-沃特森）等勇敢的平民志愿者的帮助下，背水一战，在机器军队冲向他们的要塞时，抵抗卫兵的入侵。面对彻底灭绝的危险，人类最后堡垒中的居民不仅为自己的生命而战，而且为人类自己的未来而战。

　　但是一种未知的元素从内部毒害着他们：无赖程序史密斯（雨果-维文）狡猾地截获了气垫船舰队成员贝恩（伊安-布里斯）。史密斯的力量分秒递增，甚至超出机器们的控制，现在威胁着要把机器们的帝国以及真实世界和母体一起毁灭。先知（玛丽-爱丽斯）给了尼尔最后的指引。他接受了，尽管他知道她是一个程序，而她的话可能只是母体大系统中的另一层假象。

　　在奈尔碧（贾达-平克特-史密斯）的帮助下，尼尔和屈妮蒂决定踏上人类从未走过的更远的旅程：一次叛逆之旅，穿过烧焦的地面，进入险恶机器之城的心脏。在这广袤的机械都市里，尼尔和机器世界里的终极力量——机器之神，面对面地对峙，达成了一个成为垂死世界唯一希望的契约。

　　今晚战争将会结束，尼尔的命运和两个文明的命运危险地维系在他和史密斯的大对峙的结局上。