康熙12年11月，吴三桂联合耿精忠、尚之信发动了三藩之乱。占领了江南大部，20岁的康熙皇帝，派兵三路应敌，局势相当紧张，而此刻，黄河大水泛滥。

　　安徽巡抚靳辅受命加收救灾捐税，在筹款过程中，歙县知县唐敏，为了讨好上司，不顾百姓死活，催逼勒索，交的节流最多，靳辅对此并不知情，当众表扬了他。唐敏得到巡抚赏识更有恃无恐。而上交款子最少的知县于成龙却不买账，不仅顶撞了靳辅，还挪喻靳辅是个昏官。

　　靳辅知道于成龙是个清官，不与他计较，也不因人废言。他派徽州徐知府下歙县调查。不料唐敏心狠手辣将徐知府毒杀，靳辅又派于成龙前往调查，哪知于成龙正要查案，被淹没的安徽灾区发生了饥荒，明朝余党所谓的朱三太子又派杨氏父女等人到灾区策反，煽动饥民暴动以策应吴三桂的叛乱。

　　饥民冲进县城，要抢动粮仓。唐敏派兵镇压，祸乱一触即发。于成龙赶到了，发现其中有阴谋，他一面开仓放粮，一面抓捕了两个朱三太子的爪牙。来调粮的索额图亲信当即扣押了于成龙，并马上驰报索额图，私动军粮是死罪，索额图回奏康熙，正为战事焦急的康熙十分震怒。派人押解于成龙进京，要杀一儆百。

　　康熙念于成龙为民作想，最终赦免了于成龙，此时，黄河决堤，原河道总督畏罪自杀，康熙任命靳辅为河道总督，专职治理黄河。唐敏巴结上索额图升任京官。

　　靳辅想先从河南入手考查灾情。途中，在邯郸吕祖祠遇见了布衣陈潢。两人交谈中，靳辅见陈潢对黄河水患的历史了如指掌，对治理黄淮也有许多高见。便把陈潢收为幕僚。

　　一路上靳辅看到了受灾百姓苦不堪言，急切地想根治黄河，连向康熙上了八道本章。

　　靳辅开始了治河工程。唐敏遇有机会便给靳辅出难题。朱三太子也亲自到清河。从中作乱，给靳辅添了许多麻烦。好在有陈潢的帮助，有曾经受过他恩泽的饥民的支持，靳辅终于堵住了决口，使何水复归河道。

　　康熙勘察黄河，在清江河道召见了靳辅。康熙说明平三藩战争局势好转，要加快黄河的治理。康熙的急切心情感动了靳辅，他保证三年为期让黄河清。索额图当即抓住这句承诺，大做文章，向各省发了明谕。事后，陈潢对靳辅说，三年的时间太短，根本无法使黄河清。靳辅只得硬着头皮领着大家治河，累得晕倒在大堤上。

　　第二年黄河又遇大水，黄河又有几处决口。索额图发动自己的亲信，纷纷写折子弹劾靳辅。明珠则力保靳辅。幸而康熙皇帝认为，不能以一次的决堤论成败。派曹寅从江南织造调款支持河工和赈灾。靳辅十分感动。

　　随后，于成龙出任安徽按察使，主张按大禹的办法疏濬黄淮入海口。指责靳辅的治河办法——诸如束水冲沙、修减水坝等，都有孛古训。康熙让靳辅回答，靳辅和陈潢上书说明，现在的黄河已经不是古时的黄河，不能拘泥于大禹成法。束水冲沙是解决悬河的最佳办法。入海处，地湿平，挖沟不如筑堤。康熙委决不下，派人前去调查，第一次去的人是明珠的党羽，回来支持靳辅；第二次派的人是索额图的党羽，回来支持于成龙。康熙无法表态。

　　正遇秋汛，靳辅为了保住新修的大堤，要利用减水坝降低洪水压力。于成龙为了保自己一方百姓的利益，亲自冒冒着生命危险带领民工加高减水坝。结果保住了安徽境内没被水害，却冲决了下游的大坝。黄水灌入运河，阻断了漕运，妨碍了康熙对解放台湾的备战。

　　康熙震怒了。索额图乘机攻击靳辅，把靳辅拘捕起来。后，靳辅面陈隐情，康熙才免了靳辅的总督职务，准许他戴罪立功。