故事讲述一个发生在深夜的案件。南北朝鲜警备区板门店突然发生军事冲突。当事人称起因是一名韩国军士袭击朝鲜哨所，造成朝鲜官兵两死一伤。在瑞士土生土长的韩裔少校苏菲受中立国监察委员会派遣奉命调查此案。

　　这是一桩疑点重重，扑朔迷离的悬案。当事人韩国士长李寿赫与朝鲜被袭方惟一幸存者吴敬必中士在提交的调查书中对同一事件作出了两种不同版本的描述；被杀的朝鲜士兵郑于真的画册中存有一张李寿赫女友的画像；现场除李寿赫疯狂扫射留下的10发子弹的弹痕外，手枪中还有一粒子弹消失无踪；在苏菲审问李寿赫的时候，在另一房间接受调查的，与李寿赫一同值勤的韩国士兵南成植突然跳楼自尽；苏菲安排李寿赫和吴敬必在板门店当堂对质，并在他们面前播放南成植跳楼录像时，眼看李寿赫精神崩溃开始动摇，吴敬必突然掀翻了桌子破口大骂……就在苏菲逐渐接近真相时，调查委员会突然宣布将她调离，理由是她的父亲是曾经参加过朝鲜战争，在战后移民瑞士的朝鲜人民军将军。真相在苏菲离开之前最终暴露：吴敬必，李寿赫，南成植，郑于真四人在案发之前曾经跨越三八线，成为亲如兄弟的好朋友，因军官查勤发现他们的关系，四人擦枪走火造成悲剧就在苏菲即将离开板门店时，李寿赫在与她告别之后吞枪自杀。

　　尽管《共同警备区》与《太极旗飘扬》同样在剧情设置和影像表达上都表现出了国际一流商业大片的出色风范，但相比起《太极旗飘扬》的商业计算与表面化的好莱坞风格，《共同警备区》显然更自然精彩。这是一种“于朴实中表现生动，于悬疑中透露睿智，于幽默中表达悲哀与深刻的精彩”，尤其是对兄弟之爱的象征意义进行了不遗余力的深入挖掘，如果说《太极旗飘扬》直接点明了朝鲜半岛上两个分裂国家的本质关系，那么《共同警备区》则将这种关系的微妙复杂耐人寻味之处做了相当直接大胆和逼真透彻的剖析。

　　“你的影子越过界了。”是正在值勤的朝鲜中士吴敬必对已经成为朋友的三八线对面的韩国士长李寿赫开的一个玩笑，从随片的花絮里可以看见韩国观众会心的微笑，这也是导演朴赞旭对分裂现状表达的一种不满：“我们的目的在于揭露国家现状，分裂的现状，希望600万韩国观众看过影片之后认真地思考。”

　　“可以将它看成一部纯粹意义上的政治影片”。导演朴赞旭毫不掩饰他的更倾向北方的激进观点。在苏菲审讯的过程中，为了保护李寿赫，制止濒临崩溃边缘的他说出事实真相，吴敬必突然从椅子上站了起来，痛骂道：“你这个狗杂种。你这个资本主义混蛋。你知道我等多久了，我要给你们看看共和国的厉害。你这个背叛人民的人。美国佬的傀儡。朝鲜人民劳动党万岁！金日成领袖万岁！”朴赞旭在接受记者访问时开诚布公地说：“我非常高兴在我的影片里说出这样的话，我们的社会一直都禁止说这样的话，突破禁止，是我乐意看到的。”银幕上还出现了没有被歪曲的金日成和金正日的画像，朝鲜人民民主共和国的旗帜，以及金日成的格言：我们是工人阶级的政党。

　　突破禁区和打破隔膜是朴赞旭努力的方向。类似的细节随处可见：当韩国士长李寿赫趁夜深人静偷偷应约来到朝鲜哨所，等候在那里的朝鲜中士吴敬必伸出了热情的双手：“你做了一件伟大的事，在半个世纪的分裂之后，你中止了我们悲痛耻辱的历史，冲破障碍统一国家，李寿赫同志。我们欢迎你。”大家在秘密的地下室里把酒言欢，吴敬必对李寿赫说：“叫你们的军队别再阻止我们，我们要跟美国佬对着干。”

　　李寿赫把自己的战友南成植也带到了朝鲜哨所，南成植为此胆战心惊，李寿赫劝告他：“你不是感觉很温暖吗？想想看，流着同样血液的人聚在一起玩玩游戏有什么不可以？那是犯罪吗？”当四人相聚时，他们彼此凝视：“可以叫你们兄弟吗？”

　　还有更鲜明的立场：一天深夜紧急集合，传说北方向边境纠集大规模部队，双方开火。几天后，李寿赫和南成植又来到朝鲜哨所，他们询问吴敬必：“北方那天真的想攻击我们吗？”吴敬必回答说“难道美国人轰炸我们，我们也要坐以待毙吗？如果那些美国佬玩起军事游戏，我们便会被歼灭，完蛋。开战3分钟，两个国家都会毁灭。完全变成废墟。”