随着案件的增加和哀的帮助，柯南对黑暗组织的了解也日渐加深。而警方与FBI也正想铲除这作恶多端的犯罪组织。终于有一天，柯南查明了组织的地点，阿笠博士联系了警方与FBI，一同消灭了组织。虽然组织内的犯罪分子被抓获，但关于组织的犯罪资料和记录却已不翼而飞。也许是这帮走向穷途末路的家伙所能做得最后的挣扎。警方并不在意，因为目前的证据足以给这帮败类应有的惩罚。但是，对于柯南来说，那些资料中可能有关于毒药APTX4869的记录，资料的丢失就意味着解药无法制取。柯南感到前所未有的惊恐。“如果新一再也无法出现，那么小兰，小兰该怎么办？而我，我自己又该怎样……”柯南无法想象以后的事情，不知道该怎样面队苦苦等待新一归来的小兰。阿笠博士和哀也不知所措。最后，柯南决定，无论如何不能让自己耽误小兰的幸福。

　　柯南无精打采地回到事物所。家里只有小兰，小兰见柯南回来了，微笑着说：“柯南回来了，饿不饿不？想吃点心吗？”说完，就去厨房拿点心了。听到小兰那温柔的声音，柯南有些犹豫，但是为了小兰的幸福，他也只能这样做。

　　这时，小兰端着点心和茶从厨房里出来。“小…小兰姐姐，有件…有件事情要告诉你…”“哦？是什么？”“新…新一哥哥…新一哥哥他……”“新一？柯南你说新一？新一他怎么了？”“新一他……他……”“你快说呀，柯南！新一怎么了？他到底什么时候回来？”“他永远也不会回来了！”“哗啦”一声，点心和茶连着盘子一起掉到地板上。“你再说什么呀？柯南，别开这样的玩笑好不好？”小兰呆呆地站着，仿佛定在那里一样，动弹不得。“小兰姐，是真的。新一哥哥再也不会回来了……他希望你能好好保重……”柯南也不知道该说些什么来安慰小兰。“为什么？我到底哪里做错了？为什么新一不要我了？”“他不是不要你，小兰姐。新一哥哥是在解决案子的时候，被人偷袭，然后就…死了。”“不——！”小兰撕心裂肺地喊了一声，昏到在地上。柯南赶忙上前扶住小兰，这样的结果，任谁也没有办法避免。

　　从那以后，小兰几乎整天以泪洗面，她翻看着和新一一起拍的照片，回忆着和新一在一起的美好时光，一想到这些都将不复存在了，心中的忧伤就更加强烈。每次柯南试图安慰小兰时，得到的总是一句——“你是不会了解的，柯南！”

　　小五郎每天看着女儿痛苦伤心，自己也很难过，在女儿无助的时候自己却帮不上忙。其实，在他心里也已承认新一是女婿了，所以新一的“英年早逝”给了他不小的打击。

　　有一天，小五郎为排遣郁闷的心情出去散步。家里只剩下小兰和柯南。突然，柯南发现小兰在房间里翻箱捣柜不知想干什么，走进去，看见小兰正在收拾行李，好像要出远门。“小兰姐，你这是干什么？”柯南不安地问。“你一定在骗我，新一根本没有死，我不能再等了，我要去找他！”说完，提着行李就往外走。柯南急忙解释：“新一哥哥真得不会回来了！”“我要见他的尸体，他的骨灰！”小兰推开柯南，径直走出家门。渐渐地，小兰的身影越来越远，最后消失在柯南的视线中……