进藤光是一个小学6年级学生。有一天，小光跑到爷爷家里寻宝，想赚些零用钱，没想到偶然翻出了一个旧棋盘。就在他接触棋盘的一瞬间，附身于棋盘中的平安时代天才棋士——藤原佐为的灵魂进入了小光的体内。佐为将围棋视为生命，在他的熏陶下，小光也逐渐对围棋产生了兴趣。

　　小光在围棋班上听说围棋爱好者经常出入围棋会所，便带着佐为前去下棋。在这里，他结识了棋坛名人之子——天才少年塔矢亮。小光为了测试佐为的实力，贸然与塔矢亮对弈，结果小胜对手。他不知道塔矢亮的身份，误以为佐为棋力平常，对此深为不满。然而塔矢亮却大受打击，失意至极。数日后，塔矢亮再次向小光挑战，虽然他对小光藐视围棋的态度十分气愤，但是无奈再次惨败在佐为手下。塔矢亮连番受挫，内心更加苦闷。

　　小光应朋友之邀，前往叶濑中学参加校庆活动。在会场上，他破解了围棋部的棋谱问答，由此结识了将棋部的加贺。加贺发现小光棋艺高超，便拉拢他一起去参加初中校际围棋赛。在团体赛的决赛中，小光借助佐为的力量连克强敌，结果叶濑中学力挫名校海王中学，夺得了冠军。可惜有人揭发小光还是个小学生，因此被大赛取消了名次。

　　不久之后，小光升入了初中，并加入了学校的围棋部。虽然围棋部只有会长筒井和小光两个成员，但是小光决心依靠自己的力量参加下届围棋大赛，四处奔走积极为围棋部招揽会员。与此同时，塔矢亮也考入了海王中学，为了和小光对局，他专程前往叶濑中学挑战。但是，小光深知自己远远不是塔矢亮的对手，断然拒绝了挑战。塔矢亮得知，小光即将参加校际围棋比赛，为了与小光一决高下，他不惜加入海王中学围棋部。但是，塔矢亮的棋艺高超，不亚于职业棋手，他的到来令学校围棋部人心惶惶。

　　小光发现，同年级的三谷棋艺出众，便主动邀请三谷加入围棋部。可惜三谷经常在围棋会所与大人赌博，并且作弊骗钱，小光本想前去阻止三谷胡作非为，不料三谷被对手以相同的作弊手法击败，骗去了一万日元。小光借助佐为的力量，成功的帮助三谷夺回了被骗走的赌金。在小光的不懈努力下，三谷终于被他精诚所至的热情所打动，同意参加校际围棋团体赛。塔矢亮在海王中学围棋部饱受老会员刁难，但是他依然坚持要与小光一决高下。他从老师口中听说，小光将在团体赛中担任叶濑中学的末将，便不惜以退出围棋部为条件，换得出任海王中学末将的机会。

　　在围棋大赛上，三谷出任主帅，率领叶濑中学过关斩将，与海王中学再次对阵。小光与塔矢亮第三次交锋，他本想凭借自己的实力进行比赛，但无意间得知塔矢亮为了与佐为对局不惜代价，不由得心生犹豫，仍然将比赛托付给了佐为。比赛开始不久，小光突然灵机一动，想出了一着妙棋，他决定亲自与塔矢亮对弈，以了解自己与对手的差距。但是，由于水平差距悬殊，结果以惨败告终。筒井与三谷也不敌对手，叶濑中学在第二回合便被淘汰出局。塔矢亮对小光的实力大为失望，决意参加职业棋士考试。

　　暑假来临，为了帮助佐为寻找下棋的对手，刚刚学会网络围棋的小光在网上化名为sai四处挑战。他击败了众多海外围棋高手，使得sai的名声一时间不胫而走。不久之后，国际业余围棋赛在日本举行，参赛选手纷纷询问网上神秘高手sai的真正身份，令赛场一片哗然。塔矢亮到场参观比赛，并得知了sai的存在。他向sai发起了挑战，却惊奇的发现sai的手法与小光如出一辙。为了不影响比赛进行，塔矢亮果断的中途投降，要求改日再战。

　　职业棋士考试第一天，塔矢亮不惜放弃当天的比赛，如约与sai展开对局。他虽然全力以赴步步为营，却无奈佐为的棋艺出神入化，结果再次告负。塔矢亮怀疑sai的真实身份便是小光，又听说曾有人在网吧见过小光，急忙赶去确认。正巧小光在浏览网页，他矢口否认自己曾在网上下棋，暗示塔矢亮不要追逐佐为的幻象，并正式向其发出挑战，但塔矢亮不屑而去。

　　小光在学校围棋部棋力日渐增强。一天，他偶遇海王中学围棋部会长岸本，岸本告诉小光，塔矢亮已经通过职业棋士考试，如果不奋起直追，永远也无法超越对手。岸本的一席话惊醒了小光，为了提高棋艺，他决定参加日本棋院院生考试。然而，小光忘记了一旦成为院生便无法参加业余比赛一事，激起了三谷的不满。最后，在将棋部会长加贺的建议下，小光以一敌三，同时与加贺、筒井、三谷对局，结果2胜1负，充分展示了自身的实力。他告别了围棋部，迈向新的起点。

　　院生考试当天，小光因为心情紧张，未能发挥出理想的水平。但主考老师得知他学习围棋不过一年时间，对其进步之快十分吃惊，并从小光以一敌三的棋谱中发现他有过人的素质，故破格给予其合格。小光跟随老师参观院生的教室时，无意中透露塔矢亮曾经视自己为竞争对手，引起众人的警觉。但很快，小光便和和谷、伊角等人结为了好友，融入了新环境之中。

　　此时，塔矢亮已经正式晋升为初段，他听说小光成为院生，心中再次燃起昂扬斗志，决定远远将小光抛在身后。在与王座的例行比赛中，他为向小光展现两人之间的实力差距，面对实力高于自己的对手毫不畏惧，步步紧逼锋芒毕露，令王座陷入苦战。虽然最后不敌对手，但给众人留下了深刻印象。

　　一年一度的幼狮战即将到来，这是一场年轻棋士与院生之间的锦标赛。为了能与塔矢亮再次交锋，身为院生二组最后一名的小光必须在三个月内晋升至一组16名。他加入和谷的老师森下九段的围棋研习会，努力钻研棋艺，但是在院生研修课上却屡战屡败，名次徘徊不前。佐为提醒小光，在对局中不能畏首畏脚，必须勇往直前。小光克服了心理障碍，状态渐入佳境，名次稳步上升，终于如愿以偿地获得了幼狮战的参赛资格。小光十分清楚，只有在第一轮比赛中出线，才能与塔矢亮对阵。在比赛中，他巧妙地化恶手为妙手，对手陷入苦战。虽然棋差一招最后未能出线，但小光真切的感受到了自身的成长，塔矢亮也从残局中发现，小光的实力已经今非昔比。

　　参加职业棋手考试，是院生们的第一目标，伊角、和谷等人在院生中名列前茅，可免试参加正式考试，但小光仍然要突破预赛这一难关。他由于过于紧张，在前两场比赛中连续告负，但此后状态逐渐恢复，最后一场比赛轮空不战而胜，以3胜2负的成绩通过预赛。和谷等人为帮助小光积累经验，3人组队前往各个围棋会所挑战，击败众多业余高手，令小光受益匪浅。

　　在正式考试中，小光恢复了往日的平静，他沉着应战，十几轮比赛过后，战绩始终位居前列。然而职业棋手的名额只有三人，激烈的决战在积分位于榜首的越智、伊角、和谷和小光四人之间展开。由于战绩保持不败的伊角在比赛时无意犯规，小光违心地获得了1分。伊角情绪低落，连输2轮比赛，但在与越智的比赛中再度燃起斗志，击败了对手，令局势更加扑朔迷离。塔矢亮为了解小光的实力，协助越智展开特训，不料小光在对局中奇兵突袭，打乱了越智的阵脚，大败对手。最终，小光以优异的成绩，出人意料地通过了职业棋手考试。

　　小光没有想到，自己首场职业比赛的对手竟是塔矢亮，他怀着满腔的期待来到赛场，不料由于塔矢名人急病卧床，塔矢亮未能参加比赛。小光前往医院探望塔矢名人，为满足佐为的心愿，他请求名人和sai在网上一决胜负。名人答应了小光的挑战，与佐为在网上展开了一场空且绝后的鏖战。两人棋逢对手，战局难分高下，最后佐为棋高一着，以半目之差取胜，完成了心中的夙愿。

　　佐为早已发现，自己在人间的时日已经无多，他没有告诉小光，只是默默的守护着小光的成长。一天，小光突然发现，整日与自己形影不离的佐为失去了踪影。他四处寻找佐为，追寻本因坊秀策的足迹踏遍了全国各地，却依然没有找到佐为的下落。小光茫然若失，决意不再下棋，每天等待着佐为的归来。此时，伊角从中国棋院回到日本，前来探望小光，他再三要求与小光对局，终于打动了小光。小光手执棋子，刹那间不禁泪如泉涌，他突然明白了一切，原来佐为已经融入了自己的心中。为了佐为，也为了自己，他决心将自己的一生奉献给围棋。

　　小光回到阔别数月的职业棋坛，他意气风发捷报频传，再次与塔矢亮交锋。这一战虽然依然告负，但塔矢亮从小光的身上，清楚地看见了佐为的身影。两位天才少年终于冰释前嫌，结为了毕生的竞争对手。